益生菌不是保健药物，也不是万能的，益生菌有它的适应症，不能滥用。同时提醒家长，即使孩子需要服用益生菌，也要注意益生菌制剂中的数量和活菌数量。
对于发育中的正常孩子来说，完全没有必要额外补充益生菌，即使使用益生菌也是在医生指导下短期使用，不能长期使用。
最好的方式就是母乳喂养
母乳喂养是一个有菌喂养的过程， 乳房乳管中含有正常的益生菌群，通过母乳喂养可以将正常菌群给孩子， 让孩子尽早建立肠道的正常菌群，同时母乳含有双歧因子，在母乳的低聚糖作用下，生成双歧杆菌或乳酸杆菌。
对于不能母乳喂养的宝宝，最好选择富含低聚糖的配方奶粉。低聚糖又称益生元，可以起到调整肠道菌群微生态平衡的作用，例如低聚果糖可以起到增殖双歧杆菌的作用。
聪明地进食
食品多样化，注意富含膳食纤维的食物的摄入
如含麸子比较多的麦粉、粗粮、薯类、豆类、蔬菜（菜苗）、水果、魔芋、海藻等植物性食品，这些食物含可溶性膳食纤维，有助于肠道益生菌的繁殖和发展，可调节肠道菌群平衡。
不要过多摄入动物性食物，因为这些食物不含膳食纤维和低聚糖，并且过多食用高蛋白的食物可以促进肠道腐败菌的生长，产生一些有害物质。
正确使用抗生素
抗生素不但可以杀死致病菌，同时也是益生菌的杀手，尤其是广谱抗生素。滥用抗生素就会杀死益生菌，破坏肠道菌群平衡。尤其会增强细菌耐药性，从而衍生超级细菌。
使用抗生素的原则是：能用窄谱的就不用广谱的，没有明确病原菌可以使用广谱的，一旦明确病因就要选用敏感的窄谱抗生素；能用低级的就不用高级的；能用一种解决问题的就不用两种，轻度和中度感染不建议联合用药，一旦需要使用抗生素，就要用够剂量、用够疗程，不能随便停药。
其他
减少不必要的医学检查手段
例如放射检查和治疗也会对肠道菌群平衡造成严重破坏
注意个人饮食卫生
杜绝一切可能造成病菌侵入的部位生环节。
