胎儿严重碘缺乏造成大脑发育不可逆的损害，其严重后果就是克汀病。所谓克汀病是指以智力残疾为主要特征并伴有精神综合症或甲状腺机能低下的一种疾病。临床上习惯分为神经型和粘液水肿型。

神经型克汀病患者智力残疾极为严重，呈白痴或痴愚状态，大部分有聋哑、肢体麻痹和瘫痪、痉挛或步态共济失调、斜视等。粘液水肿型克汀病患者智力对残疾稍轻，是愚笨状态，具有长期甲状腺机能低下症的体征：身材矮小、粘液水肿、毛发稀少、性发育落后、身体比例和鼻眶构形成熟落后等。不管哪型克汀病，在妊娠早期补充足够的碘，都能完全预防。

新生儿碘缺乏的危害主要是引起先天性甲状腺机能低下症（先甲低）检出率的升高。先甲低检出率增高的原因是碘缺乏所致，如不能早期诊断和治疗将同样导致患儿终生智力残疾。妊娠期补碘可以使过高的先甲低标出率下降到正常。

儿童青少年对碘缺乏比较敏感，突出表现是甲状腺肿大。一般来说，甲状腺肿大率随着年龄的增长而升高，女孩肿大率遍高于男孩。补碘以后，经过一定时期甲状腺肿大可以恢复正常。儿童青少年碘缺乏会对生长发育特别是智力发育造成损害，碘缺乏地区的儿童智力发育没有达到应该有的水平。如果以智力商数表示，碘缺乏使儿童智力商数丢失10-15个百分点。

碘缺乏对成人最明显的影响是甲状腺肿。地方性甲状腺肿在成人中的特点是缺乏典型的临床甲低症状，除了颈部肿大之外一般无明显症状，只有当甲状腺肿发展到一定程度或压迫气管、食道和周围神经才会出现呼吸困难，吞咽障碍或声音嘶哑等症状，尽管大多数人无明显临床表现，但经过实验室检查常常发现甲状腺激素水平正常偏低，少部分人可能有症状轻微的甲状腺机能低下的表现。这些人多表现表情淡漠，无力、易疲劳，体能下降和生活适应能力差。这就可能影响当地居民的主动性和创造性。

碘缺乏的高度损害有不同于其它疾病智力损害的三个特点。第一，具有隐蔽性。受害的人群和个体没有任何感觉，智力损害在不知不觉中发生。第二，轻度碘缺乏并伴随智力损害。碘缺乏不管严重程度如何可能都会损害智力，只是智力受损的程度不同而已。第三，具有广泛性。碘缺乏危害的地区和人群非常广泛和众多。经防治专业人员调查，在碘缺乏地区儿童有智力损害的比例占5-15%。